Las Parroquia de San Juan de Dios, ha tenido una historia tumultuosa, durante mucho tiempo, era la Parroquia del Hospital perteneciente al enorme complejo de San Hipolito, originalmente fundada por los Hospitalarios, cambio de manos muchas veces, porque el Hopspital al que estaba asignada, cambio muchas veces de funciones, eb algun momento era para los mestizos o los mulatos, en otras ocasiones para mujeres, su maximo esplendor llego a finales de la colonia, despues de un incendio de 1766 y la expulsion de los Jesuitas el año siguiente, se le reconstruyo en la forma que casi tiene en la actualidad, ya que un temblor en 1800, provoco algunos daños, durante el siglo XIX, vio una gran decadencia, por la Guerra de Reforma, el Hospital paso a ser publico, y la Iglesia abandonada y saqueda, de hecho se construyeron casas en su alrededor y al parecer esta fue usada como biodega en esa etapa, al final del siglo, volvio a su funcion, hasta volver a ser saqueda y abandonada en la Revolucion y la Guerra Cristera, desconozco cuando volvio a su funcion original.
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